Teito Klein est un jeune élève prometteur de l'Académie Militaire de Barsburg, qui forme l'élite des officiers impériaux. Il va toutefois devoir quitter l'armée et s'enfuir suite à sa rencontre avec le redoutable commandant Ayanami. Il finit par trouver refuge dans l'église du septième district, un sanctuaire inviolable qui serait protégé par les sept fantômes, les messagers divins qui ont autrefois vaincu le dieu maléfique Verloren. Mais Ayanami n'a pas l'intention de cesser la poursuite pour autant ...